废弃物应定期清理，不做长期储存，动物房舍亦应设有足够的贮存空间，贮存暂时无法立刻处理的废弃物。废弃物储存区与其他区室分隔，尽量远离动物饲养区、人员休息区或场内主要运输线上。废弃物贮存室必须密闭，避免臭气外泄和防止苍蝇、蟑螂、啮齿类动物侵入。