某5层商住楼，总建筑面积8500m²，框架结构。通过公开招标，业主分别与承包商、监理单位签订了工程施工合同、委托监理合同。工程开、竣工时间分别为当年4月1日和12月25日。承、发包双方在专用条款中，对工程变更、工程计量、合同价款的调整及工程款的支付等都作了规定。约定采用工程量清单计价，工程量增减的约定幅度为10%。
对变更合同价款确定的程序规定如下：
（1）工程变更发生后7d内，承包方应提出变更估价申请，经工程师确认后，调整合同价款；
（2）若工程变更发生后7d内，承包商不提出变更估价申请，则视为该变更不涉及价款变更；
（3）工程师自收到变更价款报告之日起7d内应对此予以确认。若无正当理由不确认时，自报告送达之日起14d后报告自动生效。
承包人在5月6日进行工程量统计时，发现原工程量清单漏项1项；局部基础形式发生变更1项；相应地，有2项清单项目工程量减少在5%以内，工程量比清单项目超过6%的2项，超过10%的1项，当即向工程师提出了变更报告。工程师在5月14日确认了该三项变更。5月20日向工程师提出了变更工程价款的报告，工程师在5月25日确认了承包人提出的变更价款报告。
问题

合同中所述变更价款的程序规定有何不妥之处？应该怎样处理？